Khan menggambarkan perlakuan tidak menyenangkan di black site CIA. Dia menerima berbagai penyiksaan berupa pemukulan, teknik interogasi waterboarding, dan pelecehan seksual dengan benda.
Khan juga mengaku pernah digantung dengan tangan terikat ke atas selama berhari-hari tanpa busana dan kepala tertutup, menyiram air es ke tubuhnya setiap 1-2 jam sambil menyalakan kipas angin yang diarahkan ke tubuhnya.
Dia dilarang tidur dan makan, diisolasi dan dibelenggu dalam sel dengan musik menggelegar 24 jam sehari. Berlangsung selama tiga tahun sejak penangkapannya di Karachi pada 2003 hingga pemindahannya ke Guantanamo pada 2006.***