PDI Perjuangan selanjutnya memenangkan Pemilihan Umum Tahun 1999, namun Megawati Soekarnoputri kalah sebagai calon Presiden pada Sidang Umum Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR).
Megawati selanjutnya, didapuk sebagai wakil dari Presiden Aburrahman Wahid (Gus Dur).
Selanjutnya, pada 23 Juli 2001, MPR secara aklamasi memilih Megawati Soekarnoputri sebagai Presiden ke-5 Indonesia.
Megawati menggantikan Gus Dur, dengan periode 2001 hingga 2004. Alhasil, Megawati adalah perempuan pertama yang jadi Presiden di Indonesia.
Baca Juga: Erick Thohir Jadi Ketua Umum PSSI, Presiden Jokowi Ingin ada Reformasi Total
Dalam masa pemerintahanya, Megawati Soekarnoputri membentuk Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) tahun 2003. Dia juga melakukan kebijakan privatisasi BUMN pada 2003.
Megawati mengusulkan supaya pemilihan presiden (Pilpres) digelar dengan demokratis, melalui pemilihan langsung oleh rakyat.
Tak hanya itu, Megawati Soekarnoputri juga mampu menangkap dan memenjarakan pelaku kasus Bom Bali I dan II.
Usai masa jabatannya habis, Megawati kembali mencalonkan diri sebagai presiden bersama Hasyim Muzadi dalam Pilpres 2004.