Pada tahun 2011 diangkat sebagai Direktur Pemeriksaan, Penelitian dan Pewarisan Pajak Kanwil Ditjen Pajak Jawa Timur 1.
Dalam posisinya, Rafael dikabarkan mendapat imbalan dari beberapa wajib pajak karena mengkondisikan hasil berbagai pemeriksaan pajak.
Ia juga diduga memiliki beberapa perusahaan di antaranya PT Artha Mega Ekadhana (AME) yang menyediakan jasa konsultasi terkait akuntansi dan pajak.
Pengguna jasa PT AME merupakan wajib pajak yang menghadapi permasalahan terutama kewajiban melaporkan akuntansi pajak kepada Negara melalui Direktorat Jenderal Pajak.
Tim investigasi menemukan aliran sekitar $90.000 dalam tip yang diterima Rafael melalui PT AME sebagai bukti awal.
KPK juga mendapatkan sejumlah barang bukti dari penggeledahan rumah Rafael di Jalan Simprug Golfo, Jakarta Selatan.
Di antaranya ada uang tunai Rafael Alun Trisambodo sekitar Rp32,2 miliar yang disimpan di brankas bank dolar AS. dolar Singapura dan euro.***